概括上來說病因可分為：
最常見的先天性的結構異常，包含了子宮頸異常和子宮腔中隔或是子宮發育不全。後天因素包括了子宮腔黏連，子宮肌瘤扭曲了子宮腔甚至子宮內膜異位症所引發的免疫炎症反應皆是。
(二)染色體遺傳異常 (3.5-5%):
父方或母方或者兩者本身的染色體異常所致，這其中又以染色體balanced translocation（對稱型轉位）最常見，因為其常導致不正常的三套（trisomy）染色體子代，有兩次以上流產經驗的伴侶中，其中一人發生 translocation 的機率是 6 ％，故 chromosome study 很重要。
其他染色體結構上的異常諸如:鑲嵌型（mosaicism）,單基因缺陷（single gene defects ）以及反向連接（inversion）等等也會導致習慣性流產。
雖然醫學上已經發現50%到60%懷孕初期的流產是肇因於胚胎染色體不正常，但是這種異常和父母本身並沒有多大的關連。胚胎染色體不正常的原因，是當次受孕的精子或卵子有問題，或是精子卵子受精以後出了問題所致，並非全然歸自於雙親的染色體遺傳異常。
(三)內分泌荷爾蒙異常 (17-20%):
常見的有黃體期缺陷（Luteal phase deficiency (LPD)）、甲狀腺功能亢進或不足、控制不良的糖尿病、太高的泌乳素均會引發習慣性流產。LPD 原因為 Hypothalamus 或 Pituitary dysfunction ，或 ovarian insufficiency ，治療上需得先查出原因，若查不出時可以 Progesterone補充。特別是早期懷孕的維持，憑藉的是卵巢黃體的黃體素產量是否足夠維持至妊娠7至9週滋養層細胞（trophoblast）的成長。同時黃體素不足，患者的子宮內膜生長不良，導致胚胎著床後成長受到阻礙而流產。
(四)母體感染因素 (0.5-5%):
其中還是以黴漿菌（mycoplasm）, ureaplasma,披衣菌（chylamdyia）,及鏈球菌（β-streptococcus）是最常被報導的致病原。
(五)免疫系統異常 (20-50%):
缺乏適當的調節而形成的一種autograft rejection。
六)其他 (10%):
包括了子宮接受度（receptivity）改變、胎盤異常、男性精蟲因素、心臟造血系統等內科疾病、運動不適當、性交行為、環境因素（酒，煙，咖啡因，環境毒素，成癮藥物）….。
